Trình tự và thủ tục đăng ký kinh doanh được thực hiện như sau:
1. Hợp tác xã nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh tại cơ quan đăng ký kinh doanh đã chọn theo quy định tại khoản 1 Điều 14 Luật Hợp tác xã năm 2003; liên hiệp hợp tác xã nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh tại cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh theo quy định tại khoản 1 Điều 44 Luật Hợp tác xã năm 2003.

Hợp tác xã có thể gửi hồ sơ đăng ký kinh doanh qua địa chỉ thư điện tử (Email) của cơ quan đăng ký kinh doanh nhưng phải nộp bản chính thức khi đến nhận Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh để cơ quan đăng ký kinh doanh đối chiếu và lưu hồ sơ.

Cơ quan đăng ký kinh doanh không được yêu cầu hợp tác xã nộp thêm bất kỳ giấy tờ nào khác ngoài hồ sơ quy định tại Điều 14 Nghị định này.

2. Cơ quan đăng ký kinh doanh phải trao giấy biên nhận, chịu trách nhiệm về tính hợp lệ của hồ sơ khi tiếp nhận, không chịu trách nhiệm về những hành vi vi phạm pháp luật của hợp tác xã xảy ra sau đăng ký kinh doanh.

3. Cơ quan đăng ký kinh doanh cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho hợp tác xã trong thời hạn 15 ngày (ngày làm việc) kể từ ngày nhận hồ sơ, nếu có đủ các điều kiện sau đây:

a) Hồ sơ đăng ký kinh doanh hợp lệ theo quy định tại Điều 14 Nghị định này;

b) Ngành, nghề sản xuất, kinh doanh mà pháp luật không cấm;

c) Tên của hợp tác xã được đặt theo quy định tại Điều 8, 9, 10 và 11 Nghị định này.

d) Có vốn điều lệ;

Đối với hợp tác xã đăng ký kinh doanh ngành, nghề mà quy định phải có vốn pháp định thì vốn điều lệ hợp tác xã không được thấp hơn vốn pháp định.

đ) Nộp đủ lệ phí đăng ký kinh doanh theo quy định.

4. Hợp tác xã có tư cách pháp nhân và có quyền hoạt động theo nội dung đăng ký kinh doanh, kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; sau khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, hợp tác xã được khắc dấu và có quyền sử dụng con dấu của mình.

5. Trường hợp hợp tác xã kinh doanh ngành, nghề có điều kiện:

a) Đối với ngành, nghề phải có giấy phép kinh doanh thì hợp tác xã được kinh doanh những ngành, nghề đó kể từ khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép kinh doanh. Việc cấp Giấy phép kinh doanh các ngành, nghề có điều kiện theo quy định của pháp luật được tiến hành độc lập với việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho hợp tác xã;

b) Đối với ngành, nghề kinh doanh có điều kiện nhưng không cần giấy phép thì hợp tác xã được kinh doanh những ngành, nghề đó kể từ khi có đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của pháp luật;

c) Đối với ngành, nghề phải có vốn pháp định thì hợp tác xã được kinh doanh những ngành, nghề đó khi hợp tác xã có đủ vốn pháp định theo quy định của pháp luật;

d) Đối với ngành, nghề phải có chứng chỉ hành nghề thì hợp tác xã phải thực hiện theo quy định tại khoản 4 Điều 3 Nghị định số 177/2004/NĐ-CP ngày 12 tháng 10 năm 2004 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Hợp tác xã năm 2003;

đ) Trong thời hạn 07 ngày (ngày làm việc), kể từ ngày hợp tác xã kinh doanh ngành, nghề có điều kiện đòi hỏi phải có giấy phép kinh doanh, chứng chỉ hành nghề hoặc chứng chỉ hợp pháp xác nhận vốn pháp định thì hợp tác xã phải gửi bản sao hợp lệ giấy phép kinh doanh, chứng chỉ hành nghề hoặc chứng chỉ hợp pháp xác nhận vốn pháp định do cơ quan nhà nước có thẩm quyền đã cấp cho hợp tác xã đối với các ngành, nghề đó đến cơ quan đã cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho hợp tác xã.

6. Trường hợp hồ sơ không hợp lệ hoặc tên hợp tác xã được đặt không đúng theo quy định thì cơ quan đăng ký kinh doanh phải thông báo bằng văn bản cho hợp tác xã biết trong thời hạn 15 ngày (ngày làm việc), kể từ ngày nhận hồ sơ. Thông báo phải nêu rõ nội dung cần sửa đổi và cách thức sửa đổi. Quá thời hạn trên mà không có thông báo thì hồ sơ đăng ký kinh doanh được coi là hợp lệ; trường hợp từ chối cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh thì phải trả lời bằng văn bản.

Căn cứ pháp lý thành lập Hợp tác xã:

Luật hợp tác xã năm 2012;

Nghị định 193/2013/NĐ-CP Quy định chi tiết một số điều của Luật Hợp tác xã;

Thông tư 03/2014/TT-BKHĐT Hướng dẫn đăng ký hợp tác xã;